1、首先控制轮虫、枝角类的数量，防止其吃掉小型有益藻类。
2、然后从藻类繁殖的所需营养成分入手，肥水时尽量使用含有复合硅营养元素的肥水产品，这种肥水产品所含营养元素，蓝、绿藻对硅肥吸收速度慢而单细胞藻类（如硅藻）吸收较快，水肥起来时单胞藻类(如硅藻）占优势，适当控制了蓝、绿藻的繁殖。
3、用微生物制剂抑制蓝藻的繁殖。一些复合菌中含有多种有益微生物，通过生态竞争，平衡氮磷比例；通过大量繁殖，和蓝藻争夺氧气，抑制其光合作用，减缓蓝藻繁殖速度，同时稳定ph值；通过分泌胞外活性产物来抑制蓝藻的繁殖；所有这些可以有效控制蓝藻的发生。
4、加大肥水力度：无论在防治还是治疗蓝藻上，在施用活菌制剂的基础上，一定要加大肥水力度，平衡水体营养元素，从而加快有益藻类的繁殖，使其尽快成为优势种群，抑制蓝藻的繁殖。
5、注意引进有益藻类：对于有益藻类较少的池塘，可采取引进含有硅藻、绿藻丰富的水20-30cm，然后施用专用生物肥，少量多次的方法，抑制蓝藻繁殖。
6、经常换水：利用蓝藻对环境的改变适应能力弱的特点，采用经常换水的方法，保持水质清新，抑制蓝藻的大量繁殖，防止蓝藻水华的形成；换水时需要注意的是：要抽取蓝藻比较集中的下风处表层水，以最大限度的降低蓝藻数量。
7、用絮凝剂在蓝藻集中的地方泼洒，降低蓝藻的密度。
8、最后在蓝藻集中的地方泼洒杀藻药物，杀灭蓝藻，需要注意的是，要泼洒对南美白对虾刺激小的药物，泼洒后还应注意使用解毒剂，减少蓝藻死亡后对南美白对虾造成的伤害。